フォルダー名を変えても表示名が変わらない理由
Minecraftはフォルダーを保存場所、LevelName を表示名として扱います。ワールド一覧、サーバーコンソール、ワールド管理プラグイン、チャットへワールド名を出す機能はタグを読みます。そのため cp -r worlds/hub worlds/hub2 でコピーすると、両方が hub と名乗ります。修正箇所はファイル内です。
サーバーでは混乱だけでなく誤動作につながります。内部名で検索するテレポート、ワールド別設定、保護領域、経済倍率が別ワールドへ作用する可能性があります。コピー直後、何かが名前をキャッシュする前にタグを変更してください。